Huffman sinh ra tại Bedford, New York, là con gái của Grace Valle Ewing, một nữ diễn viên và Moore Peters Huffman, một ông chủ ngân hàng.[1] Cha mẹ li dị khi bà được 1 tuổi và bà Ewing giành quyền nuôi con. Bà có 6 chị em gái và một anh trai, Moore. Bà nhập học tại The Putney School tại Putney, Vermont và tốt nghiệp Học viện nghệ thuật Interlochen ở Michigan. Sau trung học, bà tới Đại học New York và lấy bằng cử nhân Nghệ thuật tạo hình trong kịch nghệ năm 1988.